W roku 1955 miał miejsce w Czechosłowacji biologiczny eksperyment, a mianowicie skrzyżowanie owczarka niemieckiego z wilkiem karpackim. Eksperyment wykazał, że może zostać wyhodowane potomstwo psa i wilczycy oraz wilka i suki. Przytłaczająca większość szczeniąt z tych parzeń posiadała genetyczne podstawy do kontynuacji hodowli. W roku 1965, po zakończeniu eksperymentu opracowano plan hodowli nowej rasy. Polegał on na kombinowaniu cech użytkowych wilka i psa. W roku 1982 Czechosłowacki Wilczak został uznany przez Komitet Generalny Stowarzyszenia Hodowców w Czechosłowacji za rasę narodową.

Krzyżowaniem psa i wilka zajmował się Karel Hartl już od roku 1955 w stacji hodowlanej straży granicznej Libejovice. Pierwsze próby były nieudane - szczeniaki wilczycy "Brity" i owczarka niemieckiego "Cezara z Brizoveho haje" urodziły się dopiero 26 maja 1958 roku (1. Linia CzW [36kb]. Celem wtedy nie było jednak utworzenie nowej rasy, a eksperyment biologiczny. Hartl chciał zbadać, jak wpływa takie krzyżowanie na płodność osobników pochodzących z takich skojarzeń i czy cechy eksterieru i charakteru wilka są dominujące nad cechami ONów. Chodziło głównie o zbadanie dziedziczności cech charakteru. Cechy wilka (strachliwość, agresja czy skłonność do ucieczek) były typowe dla zwierząt F1 (pierwszej generacji). Z tego powodu postanowiono do dalszych prób używac tylko owczarków ze zrównoważonym charakterem.

Krzyżówki były bardzo podobne do wilka zewnętrznie: miały takie same wymiary, pojemność mózgu i wilczasty kolor. Odziedziczyły także ogromną zdolność do regeneracji sił: podczas gdy krzyżówki po przebiegnięciu 100 kilometrowego odcinka były po trzech, czterech godzinach w pełni wypoczęte, owczarki potrzebowały na to 10-12 godzin po przebiegnięciu odcinka o połowe krótszego. CzW miały też o wiele lepszy zmysł węchu i orientacji (szczególnie w nocy) oraz były odporniejsze na warunki atmosferyczne: mróz, upał i deszcz.

Młode psy drugiej generacji można już było szkolić, o ile szczeniaki zostały zabrane od matki wystarczająco wcześnie i wychowane bez kontaktu z innymi psami. Do treningu obronnego nadawały się wtedy jedynie nieliczne psy. Wszystkie osobniki bardzo przywiązywały się do ludzi, którzy się nimi zajmowali, ale trudno nawiązywały kontakt z obcymi.

Pomysł stworzenia nowej rasy na bazie krzyżówek pojawił się prawdopodobnie w roku 1958. Pan Rosik i Kubaska rozpoczęli trening w straży granicznej psa pochodzącego ze skojarzenia Brity i Cezara na psa obronnego, stróżujacego i tropiącego. Ponieważ pies sprawował się niezle postanowiono podzielić psy na różne linie hodowlane, by zapobiec depresji charakterystycznej dla chowu wsobnego. Do krzyżowania używano wyłącznie owczarków pochodzących z hodowli czechosłowackich z wyjątkiem Achmeda vom Haus Berlin. Wilczaki były głównie hodowane w wojskowych stacjach hodowlanych i, w niewielkich ilościach, przez prywatnych hodowców.

Wilczyca Brita była skojarzona nie tylko z Cezarem, ale też z owczarkiem niemieckim "Kurt z Vaclavky (2. Linia CzW [36kb]). W ten sposób powstały dwie pierwsze linie CzW. Trzecią linię założył wilk "Argo" i owczarkiem "Asta z SNB" w roku 1968 w stacji hodowlanej policji w Bychory (3. Linia CzW [16kb]). Wyniki krzyżówek zaczęto określać skrótem CSV="Cesky Vlcak". W latach siedemdziesiątych psy rodziły się głównie w nowej stacji hodowlanej w pobliżu Malacky, która należała do straży granicznej w Bratysławie. Tu rasę wzbogacił wilk "Sarik". W roku 1974 został on skojarzony z "Xela z Pohranicni straze" (F3) i "Urtą z Pohranicni straze" (CSV) (4. Linia CzW [9kb]). Ostatnia krzyżówka miała miejsce ponownie w Libejovicach. Szczeniaki wilczycy "Leidy" i ONa "Bojar von Schotterhof" urodziły się 26. 04.1983. Pies F1 "Kazan z Pohranicni straze" z tego miotu został bezpośrednio użyty w hodowli CzW. To pózne skrzyżowanie podzieliło hodowców - blokowali oni cześciowo potomków z linii Kazana, która jest z tego powodu bardzo rzadka (5. Linia CzW [3kb]). Od 1983 prowadzony jest chów zamknięty - w hodowli stosuje się wyłącznie wilczaki.

14 czerwca 1965 na Międzynarodowym Kongresie Kynologicznym w Pradze Karel Hartl wygłosił referat na temat "Wyniki krzyżowania wilków z psami". Na zakończenie przedstawił on cztery generacje tych psów. Ta pierwsza próba przedstawienia Wilczaków na arenie międzynarodowej spotkała się z wielkim zainteresowaniem i wywołała żywa dyskusje. W roku 1966 hodowcy podjęli próbę wpisania CzW do księgi wstępnej. Miało to na celu oddzielenie CzW od owczarków niemieckich i stworzenie podstaw dla nowej rasy. Specjalnej komisji przedstawiono 30 eksemplarzy, jednak oddaliła ona prośbę. Ta decyzja spowodowała znaczny spadek zainteresowania tą rasą. Jednak hodowcy w Czechach i na Słowacji pozostali wierni rasie i do końca 1980 narodziły się 1863 szczeniaki. W walce o uznanie stworzono 20 marca 1982 roku w Brnie Klub Hodowców CzW (z oddziałami w Pradze i w Bratysławie), który został uznany przez Komitet Stowarzyszenia Czechosłowackich Hodowców jeszcze 2 kwietnia 1982 roku. CzW został uznany za rasę narodową.

W roku utworzenia klubu do księgi rodowodowej zostały wpisane 56 psy ze Słowacji i 10 psów z Czech. Pierwsza wystawa i bonitacja miały miejsce w połowie listopada 1982 koło Bratysławy. Przedstawiono 9 psów i 8 suk. Ocena była bardzo ostra. Tylko jeden pies i jedna suka otrzymały ocenę doskonałą. Tytul najlepszego psa otrzymał "Rep z Pohranicni straze", pies w wilczym typie, z suchą glową, małymi, jantarowymi, skośnie osadzonymi oczami. Najlepszą suką została "Cmuka z Pohranicni straze". Na drugiej wystawie w maju 1983 roku pojawiła się spora ilość potomków Repa i cały miot Cmuki. Okazali się oni bardzo wartościową parą hodowlaną. Wiekszość psów wykazywała porządany wilczy eksterier. Od tego momentu wystawy i przeglądy hodowlane odbywały się już co roku na wiosnę i jesienią w tym samym miejscu. Na międzynarodowej wystawie psów w Nitrze w roku 1983 pojawił się jeden CzW, w rok pózniej było ich już 33.

Do roku 1983 narodziło się około 200 psów różnych generacji. Do 31.12.1991 do księgi rodowodowej zostało wpisanych 1126 psów. Wraz z średnio 300 szczeniakami na rok liczba wszystkich Czw do końca roku 1995 wynosiła około 4000 sztuk.

Międzynarodowe uznanie rasy odbyło się 13 czerwca 1989 w Helsinkach. Było to ukoronowanie wysiłków czeskich i słowackich hodowców. Po podziale Czechosłowacji 01.01.1993, na konferencji w Bratysławie 23 stycznia 1993 Klub podzielono. Na posiedzeniu CMKU 4 lipca 1993 ustanowiono, że nazwa i kraj pochodzenia rasy pozostanie bez zmian, podczas gdy patronat nad rasą przejmie Słowacja. Jednak jakakolwiek zmiana wzorca jest możliwa jedynie przy obupólnej zgodzie obydwu klubów.

Ostateczne zatwierdzenie rasy miało miejsce na konfernecji w Meksyku w roku 1999.